Peter Wagner studierte an der Staatl. Musikhochschule Köln Kirchenmusik (A-Examen) u. a. bei Domorganist Clemens Ganz (Orgel), Henning Frederichs (Chor- und Orchesterleitung, Dirigieren), Nina Tichman (Klavier) und Phillip Langshaw (Gesang, Stimmbildung), am Konservatorium Würzburg bei Egidius Doll Orgelimprovisation (Staatl. Reifeprüfung) und an der Staatl. Universität Mozarteum Salzburg bei Elisabeth Ullmann Konzertfach Orgel (Diplom-Abschluss, Verleihung des akademischen Titels „Magister artium“).
Seine Konzerttätigkeit führte ihn in mehrere europäische Länder, nach Japan, Israel und Ägypten. Lehraufträge für Orgel und Musiktheorie in Würzburg, Fulda und Kassel, eine umfassende Referententätigkeit, CD- und Rundfunkproduktionen sowie mehrere Publikationen – darunter die zu Standardwerken avancierten Lehrwerke „Orgelimprovisation mit Pfiff“ (Strube-Verlag, München) und „Kompendium der Orgelspieltechnik“ (Bärenreiter-Verlag, Kassel) – bekunden sein breit gefächertes musikalisches Schaffen.
Weiterführend nahm er an verschiedenen internationalen Meisterkursen namhafter Interpreten teil, ergänzt um ein Gaststudium im Fach Tonsatz an der Staatl. Musikhochschule Würzburg (bei Zsolt Gárdonyi).
Nach Anstellungen als Kirchenmusiker in Karlstadt, Diözesanmusikassistent in Würzburg und Bildungsreferent an der Bayerischen Landesmusikakademie Hammelburg wurde er 2004 als Dekanatskirchenmusiker für das Erzbistum Paderborn an den Dom zu Minden berufen.